重庆中医药学院前身为1951年西南军政委员会卫生部创办的重庆中医进修学校，曾先后更名为四川省重庆中医学校、重庆市中医学校。2001年重庆市中医学校整体并入重庆医科大学，组建了重庆医科大学中医药学院。2023年以重庆医科大学中医药学院为主要办学基础，充分整合重庆市中医院、重庆市中药研究院、重庆市药物种植研究所等全市中医药教学科研优质资源组建重庆中医药学院，于6月6日经教育部批准成功设置，6月30日揭牌，同年9月2日招生办学。

学院选址重庆产教融合生态区（大学城西区），坐落于重庆市璧山区璧城街道蒲国宝路61号，依山临河，交通便利，环境优美，学院建设规划总占地面积1686.47亩。  

学院拥有教学科研仪器设备价值约1.4亿元、纸质藏书51万册，直属附属医院7家，拟建附属医院和教学医院23家，中药类实践教学基地50个。拥有国家中医重点专科10个，国家临床重点专科5个，国家级卓越医生（中医）教育培养计划试点1个，省级重点学科27个。与重庆医科大学共建共享博士学位授权点1个、硕士学位授权点4个。拥有首批国家中医药传承创新工程建设单位2个、国家中医药传承创新中心建设单位1个、省部级以上科研平台33个、国家级中医药优势特色教育培训基地（中药）1个、国家级中医药优势学科继续教育基地（中药资源学）1个，全国中医药文化宣教基地1个，校级实验平台5个，为学院开展人才培养和科学研究提供了重要的平台支撑。

学院现有教师400余人，研究生学历人员占80%以上，副高级以上职称人员占40%以上，其中有全国名中医3人、国家青年岐黄学者2人、国务院特殊津贴专家17人、全国名老中医药专家传承工作室专家14人，重庆中青年医学高端人才20人，引进海外高层次人才3人。现已设置中医学、中药学、针灸推拿学、中医骨伤科学、中西医临床医学、中药制药、中医康复学、中医养生学、中药资源与开发、护理学、健康服务与管理11个本科专业。2023年学院首届招生1200人，规划到2026年全日制在校学生（含研究生）达6000人，到2030年全日制在校学生（含研究生）达10000人。

“十四五”及未来时期，学院坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持党的全面领导和社会主义办学方向，立足重庆、服务西部、辐射全国、走向世界。按照“传承精华、守正创新”的指示要求，坚守“明德济世、精术泽人”的校训精神，秉持“中医中药并重、教研医产相融”的办学理念，探索“教学立校、人才兴校、科研强校、产业富校”的发展道路，遵循中医药教育教学和人才成长规律，打造“会看病的教师、会教书的医生、会育人的科学家”之“三栖名师”，为学生配置“成长导师、学业导师、科研导师”之“三类导师”，坚持院校教育与师承教育融合发展，以本科教育为主体，积极发展研究生教育，协调发展留学生教育和继续教育，着力培养德智体美劳全面发展、热爱中医药、品德高尚、基础扎实、技能优良、具有创新精神和实践能力的高素质应用型人才，努力建设特色鲜明、优势突出、教研医产协同、全国知名的高水平中医药高等院校。